В 1972 году по приказу  Министерства Здравоохранения организован деканат Среднеазиатского педиатрического института. С 1977 года организован I и II педиатрические факультеты.
В своей деятельности деканат руководствуется законами Республики Узбекистан, приказами высшего учебного заведения и считается структурной единицей института.