В 1972 году по приказу Министерства Здравоохранения организован деканат Среднеазиатского педиатрического института. С 1977 года организован I и II педиатрические факультеты. В своей деятельности деканат руководствуется законами Республики Узбекистан, приказами высшего учебного заведения и считается структурной единицей института.

Деканатом возглавляли 1972-1977 гг. профессор Ф.Х.Назармухамедов, в 1976-1977 гг. профессор О.Т.Окилов. В должности декана I педиатрического факультета работали в 1977-1979 гг. профессор Н.А.Закиров, в 1979-1983 гг. доцент А.Абдуазимов, в 1983 – 1989 гг. профессор У.З.Кадыров, в 1989-1996 гг. профессор В.З.Мазгутов, в 1997-1998 гг. профессор С.А.Рахимов, 1998-1999 гг. профессор Х.Н.Файзиев, в 1999-2009 гг. профессор Х.К.Шадиев. с 2007 года деканом I педиатрического факультета является профессор Т.С.Агзамходжаев.