В 1972 году по приказу Министерства Здравоохранения организован деканат Среднеазиатского педиатрического института. С 1977 года организован I и II педиатрические факультеты. В своей деятельности деканат руководствуется законами Республики Узбекистан, приказами высшего учебного заведения и считается структурной единицей института.

Деканатом возглавляли 1972-1977 гг. профессор Ф.Х.Назармухамедов, в 1976-1977 гг. профессор О.Т.Окилов. II педиатрического факультета возглавляли: в 1977-1979 гг. профессор В.А.Алимов, в 1979-1981 гг. Профессор Ф.Х.Назармухамедов, в 1982 – 1983 гг. профессор Н.О.Зокиров, в 1985-1986 гг. доцент Г.Л.Василенко, в 1986-1996 гг. профессор П.С.Джалилов. С 1997 года профессор Х.К.Шодиев, с 1999 года профессор Х.Ф.Файзиев, в 2000-2012 гг. профессор И.А.Касымов. С 2012 года деканом II педиатрического факультета является профессор Б.М.Таджиев.