Канцелярия является самостоятельным структурным подразделением высшего учебного заведения, действует на основании Устава ВУЗа и подчиняется непосредственно Ректору. Отдел организован со дня основания Среднеазиатского медицинского педиатрического института 1 сентября 1972 года. В своей деятельности отдел руководствуется действующим законодательством Республики Узбекистан и Уставом ВУЗа. Отдел возглавляет начальник, назначаемый приказом Ректора ВУЗа и является структурным подразделением института.