В Ташкентском педиатрическом медицинском институте отделение магистратуры было создано в 2000 году. Деканом отделения магистратуры был назначен профессор Файзиев Хамид Нишанович. По трем специальностям в магистратуру было принято 15 резидентов

В 2001-2002 учебном году по 4-м специальностям было принято 33 резидента.

В 2002-2003 годы деканом отделения магистратуры был назначен доцент Носиров Абдусаттор Ахадович. В том же учебном году по 8-специальностям было принято 61 резидентов.

В 2003-2004 учебном году в отделение магистратуры было принято 55 резидентов по 9 специальностям.

В 2004-2005 учебном году по 14 специальностям было принято 92 резидента.

В ноябре 2005 года деканом отделения магистратуры был назначен доцент Агзамов Анвар Мирафзалович. В этом учебном году по 21 специальностям было принято 152 резидента.

В 2006-2007 учебном году в магистратуру было принято 131 резидентов по 21 специальностям.

В 2007-2008 учебном году в магистратуру было принято 136 резидентов по 22 специальностям.

В 2008-2008 учебном году в магистратуру было принято 94 резидентов по 22 специальностям.

В 2009-2010 учебном году в магистратуру было принято 102 резидентов по 22 специальностям.

В 2010-2011 учебном году в магистратуру было принято 124 резидентов по 23 специальностям.

В 2011-2012 учебном году в магистратуру было принято 151 резидентов по 21 специальностям.

 В 2012-2013 учебном году в магистратуру было принято 151 резидентов по 24 специальностям.

С января месяца 2013 года до до сентября 2014 года  отделом руководил д.м.н., доцент Хаитов Кахрамон Нажмиддинович.

В 2013-2014 учебном году в магистратуру было принято 151 резидентов по 24 специальностям.

С 2014 года до 2016 года отделом руководил  к.м.н., доцент Валиев Абдусамат Раззакович.

В 2014-2015 учебном году в магистратуру было принято 151 резидентов по 24 специальностям.

В 2015-2016 учебном году в магистратуру было принято 151 резидентов по 24 специальностям.

С января месяца 2016 года по настоящее время, деканом отдела магистратуры является к.м.н., доцент Рахматуллаев Акмал Абадбекович. В 2016-2016 учебном году в магистратуру было принято 151 резидентов по 24 специальностям.

С моменты открытия отдела выпущено более 1200магистров.