Деятельность отдела клинической ординатуры регламентируется Законами «Об образовании», «О национальной программе подготовки кадров» и другими нормативно-правовыми документами. Это часть многоуровневой структуры высшего медицинского образования, задачей которой является подготовка высококвалифицированных специалистов для самостоятельной работы в учреждениях здравоохранения.
В настоящее время подготовка в клинической ординатуре осуществляется по 23 специальностям на 23 кафедрах ТашПМИ в современных хорошо оснащенных клиниках, использующих передовые методы диагностики и лечения, новые технологии. Подготовкой клинических ординаторов занимаются ведущие специалисты института и специализированных научно исследовательских центров в соответствии с образовательными стандартами, утвержденными Министерством здравоохранения Республики Узбекистан. Подготовка специалистов через клиническую ординатуру проводиться в течение 2 лет.
Обучения и специализированная подготовка клинических ординаторов на базах ведущих медицинских клиник: клиника Ташкентского педиатрического медицинского института, Республиканский специализированный научно-практический центр Педиатрии, Республиканский специализированный научно практический центр Акушерства и гинекологии, Республиканский специализированный научно практический центр Эндокринологии, Республиканский специализированный научно практический центр травматологии и ортопедии.
В настоящее время 166 студентов проходят стажировку по 27 специальностям.
1. Неонатология
2. Педиатрия
3. Гематология
4. Эндокринология
5. Оториноларингология
6. Инфекционные болезни
7. Глубокая забота
8. Офтальмология
9. Дерматовенерология
10. Психиатрия
11. Наркология
12. Клиническая радиология
13. Педиатрические неврологические заболевания
14 Неврологические заболевания
Травматология и ортопедия
16. Детская хирургия
17. Акушерство и гинекология
18. Гинекология детей и подростков
19. Анестезиология и реанимация детей
20. Терапия
21 Кардиология
22. Онкология
23. Чрезвычайная медицинская помощь
24. Заразные заболевания детей
26. Спортивная медицина
27. Нейрохирургия